Aineistot

Itä-Suomen Biopankin tavoitteena on luoda laajoja ja laadukkaita näytekokoelmia yhdistettynä kliiniseen tietoon tehostamaan ja laajentamaan terveystieteellisiä tutkimusmahdollisuuksia. Biopankkinäytteet kerätään mm. tavanomaisten terveydenhuollon ja lääketieteellisten tutkimusten yhteydessä. Biopankin pitkittäinen aineistokokoelma kasvaa jatkuvasti ja odottaa hetkeä, jolloin sitä tarvitaan tutkimuksessa.

Biopankki luovuttaa näytteet tutkimukseen pääsääntöisesti koodattuina, eli yksittäisen näytteenantajan henkilöllisyys ei ole tunnistettavissa. Tutkimuksen päätyttyä tutkija palauttaa kerätyn raakadatan tai näytekohtaiset analysoidut tulokset biopankkiin, jolloin näytteeseen liitetty tieto ”kasvaa korkoa”. Tämän jälkeen palautettua tietoa voidaan hyödyntää tulevissa tutkimuksissa.

Biopankkisuostumuksessaan henkilö voi antaa luvan yhteydenottoon lisänäytteitä tai uusia tutkimuksia varten (noin 90 % suostumuksen antajista on antanut tämän luvan). Näitä henkilöitä on mahdollista kutsua osallistumaan recontact- eli takaisinkutsututkimuksiin feno- ja/tai genotyypin perusteella.

Itä-Suomen Biopankin näytekokoelmat

Itä-Suomen Biopankin perusnäyte koostuu 10 ml:n seerumi- ja EDTA-verinäytteistä, jotka prosessoidaan seerumi-, kokoveri-, plasma- ja valkosolufraktioalieriksi. Alierät pakastetaan myöhempää käyttöä varten. Biopankkisuostumukseen pohjautuvia verinäytteitä on kerätty jo yli 45 000 potilaalta.

Lisäksi biopankin näytekokoelmiin kuuluu:

1. Formaliinikiinnitteisiä, parafiiniin valettuja kudosnäytteitä (FFPE) yli 440 000 henkilöltä.
2. Aivoselkäydinneste- eli likvorinäytteitä. Likvorinäytteitä on otettu henkilöiltä, joilla on tai epäillään olevan neurologinen sairaus. Lisäksi Itä-Suomen Biopankkiin on talletettu kontrollilikvoreita, jotka on otettu neurologisesti terveiltä henkilöiltä leikkauksessa tehtävän spinaalipuudutuksen yhteydessä.
3. Tuorekudosnäytteitä yli 800 henkilöltä.
4. Nestebiopsianäytteitä eli soluvapaata DNA:ta sisältäviä plasmanäytteitä, yli 600 syöpäpotilaalta.
5. Fibroblasteja, jotka on kasvatettu Itä-Suomen biopankin soluviljelylaboratoriossa tuorekudosnäytteistä, yli 200 henkilöltä.
6. DNA-näytteitä. Biopankkisuostumusten perusteella kerätyistä EDTA-kokoverinäytteiden valkosolufraktioista valikoidaan osa DNA:n eristämistä varten. Näytteitä on yli 32 000 ja niitä säilytetään -190°C:ssa.

Itä-Suomen Biopankin aineistossa ovat edustettuna kaikki tautiryhmät, mutta pääpaino on erikoissairaanhoidon potilaissa.

Biopankkinäytteiden keräys, käsittely ja säilytys

Näytteitä kerätään jatkuvasti. Potilaat tunnistetaan luotettavasti sairaalan osastoilla tai näytteenoton toimipisteissä. Itä-Suomen Biopankkiin talletettuja verinäytteitä otetaan useimmiten ISLABin laboratorioissa, jotka ovat akkreditoituja. Näytteenottoon käytetään ISLABin perusvalikoimassa olevia näyteputkia ja näytevolyymejä. Yhteistyössä sairaalan ja hoitohenkilökunnan kanssa biopankki voi järjestää uusien näytteiden kohdennettuja keräyksiä tutkijan toiveesta.

Itä-Suomen Biopankin laboratoriossa verinäytteet käsitellään alieriksi Hamilton Microlab Star -nesteenkäsittelyrobotilla. Näytteiden laadun varmistamiseksi näytteenoton ja käsittelyn eri vaiheet kellonaikoineen dokumentoidaan biopankin omaan näytteidenhallintajärjestelmään. Pyrimme käsittelemään verinäytteet alle 8 h sisällä näytteenotosta.

Näytteiden säilytyslämpötila valitaan kullekin näytetyypille sopivaksi (huoneenlämpö, -20°C, -80°C, -190°C) ja säilytyslämpötilaa seurataan reaaliaikaisesti. Suurin osa näytteistä sijaitsee nestetypen kaasufaasissa (max. -196°C), joka mahdollistaa näytteiden pitkäaikaissäilytyksen.

Data

Terveyteen liittyviä tietoja voidaan tallentaa biopankkiin potilastietojärjestelmistä, tutkimusprojektien keräämistä aineistoista, Tilastokeskuksen rekisteristä tai tietoja voidaan pyytää näytteenantajalta itseltään. Biopankkiaineistoon voidaan yhdistää terveystietoja muista kansallisista rekistereistä. Biopankki tarjoaa myös pienimuotoisia bioinformatiivisia datan analyysipalveluita.

Tutkimuksen päätyttyä tutkija palauttaa biopankkiin luovutussopimuksessa sovitut tiedot, jotka ovat käytettävissä seuraavan tutkimuksen pohjana.

Päivitetty 1.4.2026